En la pantalla que te aparecerá pulsa con el botón derecho del ratón en una zona en blanco y dale a Nuevo -> sí/no e introduce:
network.protocol-handler.expose.tgY dale a Falso. La próxima que abras un enlace de Telegram te preguntará con que aplicación abrirlo y podrás configurarlo para que por defecto se abra con Telegram.