Según he podido observar, si tenemos algún repositorio que no funcione, porque este caído o por cualquier otra causa no podremos actualizar ningún paquete, NINGUNO aunque sea una actualización importante de los servidores de Ubuntu.
He podido actualizar con el comando:
sudo apt-get upgrade --fix-missingComentad si os pasa también esto o solo se da en caso aislados, porque estamos a 2 días del lanzamiento de Maverick y esto es una cagada monumental.